Según se lee en el blog del Profesor Manuel Area Moreira, las siete herramientas (de software libre) más usadas en este momento en el e-learning son los siguientes:
eFront
Moodle
Dokeos
Claroline
Ilias Learning Management
Sakai Project
Olat
El link al artículo original donde se describe cada uno de estos programas, está aquí por si a alguien le interesa leerlo, está en idioma inglés, pero se entiende bastante bien.
Yo, al igual que el profesor Area Moreira, conozco solo el Moodle (por ahora).